1957年8月31日，联盟主席东姑阿都拉曼宣布马来亚独立。马来文成为国语，回教成为国教。东姑阿都拉曼出任第一届的首相，并被称为国父。

    在北婆罗洲方面，沙巴从1882年就被英北婆罗公司统治，直到日本军队在第二次世界大战攻入占领为止。砂劳越则是英人查尔斯布洛克和汶莱苏丹协议下所建立起来的白人拉惹布洛克的天下。从1840年直到1942年，它都由布洛克家族所控制。在世界大战过后，沙巴及砂劳越正式成为英国殖民地。

    1963年，马来亚联同新加坡、沙巴及砂劳越组成了马来西亚联邦。但1965年，由于东姑阿都拉曼及李光耀的政治分裂，新加坡宣布退出马来西亚。

    1969年的全国大选成绩，显示人民对联盟的支持急剧下降，反对党所获得的席位剧增。虽然联盟仍然控制联邦政府，但失去了吉兰丹州政权，并在多个州议会里面对强大的反对党势力。1969年5月13日，反对党的胜利游行在不同种族的相互嘲讽及挑衅的过程中，演变成种族冲突及流血事件，造成百多人丧失生命，无数财产被摧毁。此历史事件被成为513事件。

    1970年，马来西亚宣布实施为期廿年的新经济政策，其目的是要消除贫穷，重组社会，以拉近贫富的鸿沟。但这项政策所实行的固打制，也使到非马来人社会非常不满。

    1972年，第二任首相敦拉萨改变了外交政策，开始和共产国家接触，并致力使东南亚成为和平、自由及中立的区域。1974年，敦拉萨访问中国，两国的邦交自此一直密切发展至今。

    1970年代，马来西亚开始其工业化计划。新经济政策廿年的成果，已经使到马来人的经济地位大大提升。1991年，第四任首相马哈迪医生宣布推行为期三十年的2020宏愿计划，致力使马来西亚在2020年成为先进国。

    直到目前为止，马来西亚仍然以每年超过8％的成长率发展，成为其中一个世界上成长得最快的国家。目前马来西亚共有十三个州，两个联邦直辖区。其首都为吉隆坡，是其中一个联邦直辖区。