东阿阿胶致力于建立市场导向型的研发创新体系，坚持始于市场、终于市场、改进提高于市场的原则，力求做到研发人员了解市场信息，听取商家客户意见经常化，市场需求指导检验创新活动习惯化、规范化。
东阿阿胶紧紧围绕核心竞争力的提升，坚持技术攻关与产品研发双管齐下，一方面借助行业标准制定权，加快标准升级步伐，构筑产业防卫体系，提升行业准入门槛，打击假冒伪劣，同时积极推进中药现代化研究，为国际市场开发创造条件；另一方面，紧紧围绕市场需求，大力实施“阿胶二次开发”中药现代化，积极开发阿胶系列新产品。近年来，东阿阿胶在阿胶生产上已拥有十几项专有技术，制定了国家药典上没有的阿胶质量标准和检测项目十余项，创造了阿胶生产技术上的不少率先和唯一，并取得了一批国内乃至国际领先的科技创新成果：阿胶二次开发及现代化研究取得显著突破；目前用现代药效学实验的方式验证了阿胶补血、止血、增强免疫力、抑止肿瘤、美容养颜的机理；采用仿生学、生物技术、成份分析等多种技术找到阿胶的7种有效成份，主要包括升高造血干细胞和白细胞的组份、美容养颜的小分子肽等。这为开发现代阿胶新产品取得了关键性的技术突破。
“十五”期间，东阿阿胶获得国家专利6项，在阿胶二次开发中药现代化研究和生物高技术产品研发中创造了10项国内领先。东阿阿胶的人红细胞生成素出率和纯化程度为国内领先水平，研制的生物药白介素—11，分子结构是东阿阿胶自己构建的，拥有自主知识产权，被列为国家一类创新药物。
在阿胶真伪鉴别研究上，有两项是世界首创的。第一项是用DNA指纹图谱鉴别驴皮真伪，准确率达100%，此项成果可应用于投料监督把关。第二项是从高度降解的成品阿胶中分离提取出蛋白质和DNA特征性结构鉴别标签，测序证实与驴肉中的DNA阳性片断电泳图谱和核苷酸序列编码完全一致，由此建立了稳定的从成品胶中提取驴皮DNA的方法。这个关口突破以后，提取牛、马、猪等动物的特征DNA片断的方法，就迎刃而解，用生物技术鉴别成品阿胶的技术很快就会大功告成，这对于阿胶生产技术来说是两千多年以来的重大突破，对品牌、对消费者、对阿胶市场都是一个极为重要的技术保护。而在生物技术应用领域里，从经过长达近3个小时、120多度高温处理过的动物胶中提取出DNA片断，以“亲子鉴定”式的方式极其准确地鉴别物种和阿胶真伪，这是世界上绝无仅有的。这一技术成果的诞生，在阿胶发展史上具有里程碑的意义，对于净化市场、保护正宗产品将产生重大的作用。
改革开放以来，阿胶生产经历了两次革命性的飞跃：一是技术创新，实现了全部工业化生产，为这一传统中药瑰宝的现代化奠定了基础；二是探索建立阿胶的质量标准，为走上国际市场提供了现代科技的“名片”。
“合纵兵法”助东阿阿胶远征
2004年，上市后的东阿阿胶加盟央企华润集团旗下，这不仅是山东省乃至全国医药行业的盛大联姻，也是国有大型企业与国际大集团联合推进战略重组的重要一步，对于东阿阿胶来说，通过合资建立起全国性的融资平台，这也是秦玉峰最为看重的。
这次以增资扩股、双方成立合资公司的形式合作，华润集团不仅要注入3亿多元的资金，而且要将其先进的管理、营销等方面的经验带进来。资本运营专家分析说，从市场表现的层面来看，东阿阿胶是一家在阿胶类产品市场上居于垄断地位的公司。
